La Fundación inició labores en el año 1999 con la investigación “Desarrollo del principio de Universalidad en el Sistema General de Seguridad Social en Salud”, con el apoyo de expertos propios y asesores externos, investigación que ha permitido, a partir de sus resultados parciales, sustentar las propuestas de políticas que impulsa la Fundación.
El megaproyecto de investigación dió lugar a las correspondientes y progresivas ediciones y publicaciones de los estudios a partir del 2002. Abarcó una gran revisión de las variables que inciden en la parálisis de la cobertura de la seguridad social en salud, en busca de proponer alternativas al país para lograr la meta de universalizar el aseguramiento en salud y se convirtió en línea de investigación permanente.
Uno de los subproductos de la investigación fue el estudio “Equidad y Subsidios”, que define la problemática relacionada con los efectos sobre la distribución regional de los recursos de salud, de utilizar una u otra metodología para medir o definir la pobreza.
La Investigación “Desarrollo del principio de Universalidad en el Sistema General de Seguridad Social en Salud” fue destacada en el 2003 por el jurado internacional del Premio Internacional Jose Luis Bobadilla de investigación en políticas de salud, de la Fundación Mexicana para la Salud.
Fedesalud realizó en 2002 el Estudio “Enfermedades de Alto Costo”, una propuesta para su regulación, trabajado en conjunto con el centro de Investigaciones para el Desarrollo de la Universidad Nacional, para dar respuesta a las necesidades de reglamentación del mecanismo de distribución de riesgo entre aseguradoras en el Sistema de Seguridad Social en Salud, por parte del Congreso de la República y el Ministerio de Salud. Con este estudio abrió la línea de investigación de enfermedades de alto costo.
En el año 2003 FEDESALUD realizó el proyecto de Investigación para el diseño de un sistema de Contratación por Paquetes Integrales de atención en Cáncer, para el Instituto Nacional de Cancerología. En este pudieron construirse 17 paquetes integrales para Ca de Máma, Ca. de Cérvix, Ca. de Estómago y Ca. de piel (escamo y basocelular), en las etapas de Diganóstico de Confirmación, Diagnóstico de Extensión, Tratamiento en diferentes Estadíos de la enfermedad neoplásica, así como Seguimiento y Control.
En el segundo semestre de 2003, como parte del Convenio con la Facultad de Salud Pública de la Universidad de Antioquia, FEDESALUD desarrolló el estudio de la UPC para el departamento del Vaupés, investigación que evaluó la aplicación del Sistema de Seguridad Social en regiones apartadas y que supuso el desarrollo de una metodología par calcular los costos reales de los servicios de salud para poblaciones dispersas, así como los costos de mantener la oferta de servicios en zonas de baja demanda.
En el año 2004, continuó este proyecto de investigación con el estudio “La Implementación del Sistema de Seguridad Social frente a las características particulares de la Región Pacifica”, financiado por Plan Internacional, que profundizó sobre la realidad del aseguramiento en el Régimen Subsidiado y la oferta real de servicios para las poblaciones dispersas, develando una situación crítica por las barreras de accesibilidad a los servicios de salud.
En el año 2005 FEDESALUD adelantó la investigación «Evaluación de la Calidad e Integralidad de la Atención a Pacientes Diabéticos que Ingresan a terapia de diálisis», financiada por Colciencias. La investigación, finalizada a comienzos de 2006, demuestra enormes falencias en la atención de los pacientes diabéticos que desarrollaron Enfermedad Renal Crónica, en los distintos regímenes del Sistema General de Seguridad Social en Salud.
En el año 2007 FEDESALUD desarrolló la la Investigación “Impacto de las reformas en salud sobre la malaria en Colombia, Perú, Venezuela y Ecuador”, para el Proyecto “Control de la Malaria en Zonas Fronterizas de los Países Andinos” – PAMAFRO, del Organismo Andino de Salud, receptor a su vez del Fondo Mundial de Lucha contra el SIDA, la Tuberculosis y la Malaria.
También en 2007 realizó la investigación internacional “Estudio sobre el diagnóstico, tratamiento y seguimiento de las enfermedades que requieren terapia transfusional continua, para 4 países de Latinoamérica, 2007”
En 2007 y 2008 FEDESALUD adelantó la investigación “Impacto social del no pago de la porción social del salario por actividad económica”, cofinanciada por Colciencias en alianza con la Universidad Santo Tomás, que continuó la línea de investigación sobre la Universalidad del Sistema.
En 2008 y 2009 FEDESALUD desarrolló el estudio centinela de VIH y factores asociados, en población de 15 a 49 años del departamento de Boyacá, en convenio con la Gobernación de Boyacá – SESALUB.
En 2010 y 2011, con el apoyo de Colciencias desarrolló la investigación “Evaluación de la calidad de atención a los pacientes con Diabetes tipo 2 y detección precoz de enfermedad renal en el SGSSS”, en alianza con la Asociación Colombiana de Diabetes. Este estudio recibió el premio al mejor trabajo de Investigación presentado en el VI Congreso Colombiano de Diabetes y Congreso región centro caribe de la Asociación Latinoamericana de Diabetes ALADES Santa Marta, 11-14 Agosto 2011.
En 2011 y 2012, en Alianza con el Instituto Nacional de Cancerología adelanta la investigación para el desarrollo de las Guías de Atención basadas en la evidencia de Ca de Mama, Próstata y Colón y Recto, bajo contrato con Colciencias, para el Ministerio de Salud y Protección Social.
En 2011 y 2012, igualmente, adelantó la investigación propia sobre Equidad en el financiamiento de la salud: Financiación y Asignación en el Sistema de Seguridad Social en Salud.
Durante los años 2013 y 2014, en Alianza con Ifarma y la Universidad Santo Tomás, desarrolló un gran proyecto de investigación que aportó insumos para la construcción de un modelo de Gestión Eficiente de medicamentos en el Departamento de Cundinamarca, liderado por la Secretaría de Salud. Fedesalud adelantó específicamente la investigación sobre comportamientos, actitudes y prácticas de usuarios, pacientes y prescriptores de medicamentos. El proyecto fue uno de los dos ganadores del Concurso “Incursionando en el Sistema General de Regalías en la Categoría Integración Regional”, realizado por el DNP y Ecopetrol.
Desde el año 2013 la Fundación adelanta investigaciones sobre los efectos de la privatización en salud y la regulación económica del sector salud, que han sido presentados parcialmente en foros nacionales e internacionales y están disponibles en la página web institucional.
En 2015 el Observatorio Nacional de Salud, del Instituto Nacional de Salud, destacó a FEDESALUD con la mayor calificación en legitimidad en investigación en salud pública, resultado que enorgullece al equipo directivo de la Fundación y que corresponde igualmente a todas las personas que durante 16 años han trabajado o apoyado este esfuerzo colectivo en pro de la salud y la seguridad social de los colombianos. La evaluación final ubica a FEDESALUD como una de las organizaciones definitivas en la investigación en salud pública del país.
En 2015, el Hospital de Fontibón contrató con FEDESALUD “Servicios Especializados de Investigación para el diseño e implementación de un modelo de atención para patologías crónicas (Diabetes Mellitus, Hipertensión Arterial, entre otras), basado en la estrategia de investigación-acción” En desarrollo de este proceso de investigación y asistencia técnica se crea el Club de Pacientes con trastornos metabólicos que tiene como objetivo garantizar la continuidad e integralidad de la atención suprimiendo barreras de acceso al integrar los dos primeros niveles de complejidad en el manejo ambulatorio de estos pacientes. El proyecto deja un diseño detallado del modelo de atención, un importante sistema de evaluación basado en procesos y resultados y un protocolo de investigación que puede ser aplicado para evaluar la calidad de atención de este tipo de pacientes.
En 2015 y 2016 FEDESALUD desarrolla la investigación Comportamiento de las relaciones laborales y de la protección social por rama de actividad económica en la última década, actualización y complementación de la investigación “Impacto social del no pago de la porción social del salario por actividad económica” realizada en 2007 y 2008.
En 2016 y 2017 el presidente de FEDESALUD, en unión con el Grupo de Protección Social de la Facultad de Economía de la Universidad Nacional, adelanta el debate teórico y la investigación sobre los efectos de la implantación de las tesis neoliberales del mercado sobre la protección social y la sociedad.
En 2018 FEDESALUD desarrolló el estudio “Barreras de acceso a los servicios de salud relacionados con la hepatitis C”. para la Fundación Ifarma, producto del convenio con HCV DRUG AFFORDABILITY PROJECT, de la Organización COALITION PLUS con recursos de UNITAID.
En 2018, igualmente en unión con el Grupo de Protección Social de la Facultad de Economía de la Universidad Nacional, adelanta la investigación y el análisis sobre los efectos en la sociedad de los 25 años de la reforma de la seguridad social concretada en la Ley 100 de 1993