Fedesalud realizó en 2002 el Estudio “Enfermedades de Alto Costo, una propuesta para su regulación”, trabajado en conjunto con el centro de Investigaciones para el Desarrollo de la Universidad Nacional, para dar respuesta a las necesidades de reglamentación del mecanismo de distribución de riesgo entre aseguradoras en el Sistema de Seguridad Social en Salud, por parte del Congreso de la República y el Ministerio de Salud. Con este estudio abrió la línea de investigación de enfermedades de alto costo.
Una primera propuesta sobre la conveniencia y necesidad de universalizar el aseguramiento de las enfermedades de alto costo en el país “Las Enfermedades de Alto Costo y el Principio de Universalidad del Sistema General de Seguridad Social en Salud”, fue presentada como ponencia de FEDESALUD ante el 1er. Congreso Internacional de Enfermedades de Alto Costo, en el mes de Julio del 2000 y fue publicada en la revista Salud Colombia, en su 49 edición.
En el año 2002, FEDESALUD, en asociación con la firma Ecomedios, realizó dos importantes Congresos, uno dedicado a la problemática de Alto Costo, tema en el que ha realizado una importante investigación, y el segundo dedicado a los Programas de Atención Domiciliaria, con el propósito de difundir las ventajas de este modelo de atención para el Sistema General de Seguridad Social en Salud.
También en el año 2002, a partir de sus investigaciones, FEDESALUD publicó el libro “Enfermedades de Alto Costo, una Propuesta para su Regulación”, En el año 2003 FEDESALUD realizó el proyecto de Investigación para el diseño de un sistema de Contratación por Paquetes Integrales de atención en Cáncer, para el Instituto Nacional de Cancerología. En este pudieron construirse 17 paquetes integrales para Ca de Mama, Ca. de Cérvix, Ca. de Estómago y Ca. de piel (escamo y baso celular), en las etapas de Diagnóstico de Confirmación, Diagnóstico de Extensión, Tratamiento en diferentes estadíos de la enfermedad neoplásica, así como Seguimiento y Control.
Igualmente en el año 2002 FEDESALUD también desarrolló un gran proyecto para Fortalecer el Control de las Enfermedades Transmisibles con la Secretaría Distrital de Salud de Bogotá, que involucró procesos de capacitación dirigidos a todas las instituciones de salud del distrito capital y a comunidades en riesgo.
En el año 2003 Fedesalud desarrolló para el Instituto de Cancerología un proceso de investigación y asistencia técnica que permitiera, a partir de los protocolos de atención desarrollados por la institución, construir el mayor número de paquetes integrales de servicio, determinar los estándares de utilización de recursos y los costos aplicables y definir una metodología de actualización periódica de las tarifas de los paquetes para facilitar la contratación con los aseguradores y demás entidades.
En el año 2005 FEDESALUD adelantó la investigación «Evaluación de la Calidad e Integralidad de la Atención a Pacientes Diabéticos que Ingresan a terapia de diálisis», financiada por Colciencias. La investigación, finalizada a comienzos de 2006, demuestra enormes falencias en la atención de los pacientes diabéticos que desarrollaron Enfermedad Renal Crónica, en los distintos regímenes del Sistema General de Seguridad Social en Salud.
Producto de la investigación, dio a conocer a comienzos de 2007 la publicación «Evaluación de la Calidad e Integralidad de la Atención a Pacientes Diabéticos que Ingresan a terapia de diálisis», así como el artículo “Deficiencias en el tratamiento de pacientes diabéticos que terminaron en enfermedad renal crónica”, en la Revista Acta Medica Colombiana. Vol. 32.
También en el 2005 FEDESALUD, contratada por FONADE y el Ministerio de la Protección Social, desarrolló las Guías de Atención basadas en la evidencia para la prevención, diagnóstico y terapia de pacientes con VIH/SIDA y Enfermedad Renal Crónica”, proyecto que concluyó con la entrega de las Guías de Atención para VIH y ERC al Ministerio, las que fueron adoptadas oficialmente por Resolución 3442 de 2006. El proyecto incluyó el diseño del modelo de atención que debe adoptar el país para la prevención y el control del VIH SIDA y la ERC.
En el primer semestre de 2007 FEDESALUD lanzó dos publicaciones, producto de sus investigaciones y consultorías. Guía y Modelo de Atención del VIH/SIDA” y “Guía y Modelo de Atención de la Enfermedad Renal Crónica”, al tiempo que el Ministerio de Salud lanzó otras dos publicaciones con las mismas guías.
En el año 2007 FEDESALUD desarrolló la la Investigación “Impacto de las reformas en salud sobre la malaria en Colombia, Perú, Venezuela y Ecuador”, para el Proyecto “Control de la Malaria en Zonas Fronterizas de los Países Andinos” – PAMAFRO, del Organismo Andino de Salud, receptor a su vez del Fondo Mundial de Lucha contra el SIDA, la Tuberculosis y la Malaria.
También en el año 2007 FEDESALUD, por solicitud de Novartis, desarrolló la Investigación sobre el el diagnóstico, tratamiento y seguimiento de las enfermedades que requieren terapia transfusional continua en 4 países (Colombia, Panamá, Trinidad y Tobago y Venezuela).
A finales del 2008 FEDESALUD inició el estudio centinela de VIH y factores asociados, en población de 15 a 49 años del departamento de Boyacá, en convenio con la Gobernación de Boyacá – SESALUB. Producto de este convenio, FEDESALUD lanzó en 2010 la publicación “Estudio de Seroprevalencia de VIH/SIDA y de Factores Asociados mediante Encuesta de Vigilancia del Comportamiento (EVC) en población de 15 a 49 años, en el departamento de Boyacá, 2009. Gobernación de Boyacá. Secretaría de Salud / Fundación para la Investigación y Desarrollo de la Salud y la Seguridad Social. FEDESALUD.
En 2009 recibió el apoyo de Colciencias para la investigación de carácter nacional “Evaluación de la calidad de atención a los pacientes con Diabetes tipo 2 y detección precoz de enfermedad renal en el SGSSS”, proyecto que adelantó en alianza con la Asociación Colombiana de Diabetes entre 2009 y 2010. Producto de la investigación en 2011 publicó el libro “Calidad de Atención de la Diabetes tipo 2 y riesgo de nefropatía diabética. FEDESALUD y Asociación Colombiana de Diabetes.
En 2010 FEDESALUD desarrolló para la OPS – Ministerio de la Protección Social el proyecto “Revisión, actualización y ajuste de la Guía de Atención Integral de Lepra y actualización de los registros del programa de lepra en el marco del plan estratégico para aliviar la carga de la enfermedad y sostener actividades de control de lepra 2010-2015”
En 2012 FEDESALUD adelantó la propuesta para Desarrollar Acciones de Fortalecimiento de los Programas de Prevención y Control de la Tb y la lepra, a través de la actualización y ajuste de guías de atención integral. en el marco del convenio de cooperación técnica entre el Ministerio de la Protección Social y OPS/OMS.
En 2011 FEDESALUD desarrolló un proceso de asistencia técnica cuyo objeto fue Diseñar y construir un Modelo de Atención Integral al Paciente con Cáncer en el Instituto Nacional de Cancerología. El Modelo se denominó “Más allá de los muros del Hospital”.
En 2011 y 2012, en Alianza con el Instituto Nacional de Cancerología, FEDESALUD adelantó la investigación para el desarrollo de las Guías de Atención basadas en la evidencia de Ca de Mama, Próstata y Colón y Recto, bajo contrato con Colciencias, para el Ministerio de Salud y Protección Social. Producto de dicha investigación fueron publicadas por el Ministerio de Salud las tres Guías de Ca de Mama, Ca de Próstata y Ca de Colón y Recto.
En 2015, el Hospital de Fontibón contrata con FEDESALUD “Servicios Especializados de Investigación para el diseño e implementación de un modelo de atención para patologías crónicas (Diabetes Mellitus, Hipertensión Arterial, entre otras), basado en la estrategia de investigación-acción” En desarrollo de este proceso de investigación y asistencia técnica se crea el Club de Pacientes con trastornos metabólicos que tiene como objetivo garantizar la continuidad e integralidad de la atención suprimiendo barreras de acceso al integrar los dos primeros niveles de complejidad en el manejo ambulatorio de estos pacientes. El proyecto deja un diseño detallado del modelo de atención, un importante sistema de evaluación basado en procesos y resultados y un protocolo de investigación que puede ser aplicado para evaluar la calidad de atención de este tipo de pacientes.
En 2016 FEDESALUD desarrollo el Proyecto “Implementación de estrategias para la interpretación de la situación de las Enfermedades No Transmisibles, empoderando a la comunidad en alianza con los actores gubernamentales de los territorios priorizados” para la OPS / OMS y el Ministerio de Salud y Protección Social.
En 2018 FEDESALUD desarrolló el proyecto “Diseño y aplicación de un sistema de monitoreo y evaluación del proyecto HCV” para Ifarma, producto del convenio con HCV DRUG AFFORDABILITY PROJECT. de la Organización COALITION PLUS con recursos de UNITAID. Igualmente desarrolló el estudio “Barreras de acceso a los servicios de salud relacionados con la hepatitis C”. para la Fundación Ifarma, producto del mismo convenio.